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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
19/06/2012 |
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Data da última atualização: |
24/07/2012 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BELARMINO, L. C.; OLIVEIRA, A. R. da S.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BORTOLETI, K. C. de A.; BEZERRA-NETO, J. P.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M. |
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Afiliação: |
LUIS C. BELARMINO, UFPE; ANA R. DA S. OLIVEIRA, UFPE; ANA C. BRASILEIRO-VIDAL, UFPE; KYRIA C. DE A. BORTOLETI, UFPE / Univ. Federal do Vale do São Francisco; JOÃO PACÍFICO BEZERRA-NETO, UFPE; RICARDO VILELA ABDELNOOR, CNPSO; ANA M. BENKO-ISEPPON, UFPE. |
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Título: |
Mining plant genome browsers as a means for efficient connection of physical, genetic and cytogenetic mapping: an example using soybean. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 35, n. 1, suppl., p. 335-347, May 2012. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Physical maps are important tools to uncover general chromosome structure as well as to compare different plant lineages and species, helping to elucidate genome structure, evolution and possibilities regarding synteny and colinearity. The increasing production of sequence data has opened an opportunity to link information from mapping studies to the underlying sequences. Genome browsers are invaluable platforms that provide access to these sequences, including tools for genome analysis, allowing the integration of multivariate information, and thus aiding to explain the emergence of complex genomes. The present work presents a tutorial regarding the use of genome browsers to develop targeted physical mapping, providing also a general overview and examples about the possibilities regarding the use of Fluorescent In Situ Hybridization (FISH) using bacterial artificial chromosomes (BAC), simple sequence repeats (SSR) and rDNA probes, highlighting the potential of such studies for map integration and comparative genetics. As a case study, the available genome of soybean was accessed to show how the physical and in silico distribution of such sequences may be compared at different levels. Such evaluations may also be complemented by the identification of sequences beyond the detection level of cytological methods, here using members of the aquaporin gene family as an example. The proposed approach highlights the complementation power of the combination of molecular cytogenetics and computational approaches for the anchoring of coding or repetitive sequences in plant genomes using available genome browsers, helping in the determination of sequence location, arrangement and number of repeats, and also filling gaps found in computational pseudochromosome assemblies. MenosPhysical maps are important tools to uncover general chromosome structure as well as to compare different plant lineages and species, helping to elucidate genome structure, evolution and possibilities regarding synteny and colinearity. The increasing production of sequence data has opened an opportunity to link information from mapping studies to the underlying sequences. Genome browsers are invaluable platforms that provide access to these sequences, including tools for genome analysis, allowing the integration of multivariate information, and thus aiding to explain the emergence of complex genomes. The present work presents a tutorial regarding the use of genome browsers to develop targeted physical mapping, providing also a general overview and examples about the possibilities regarding the use of Fluorescent In Situ Hybridization (FISH) using bacterial artificial chromosomes (BAC), simple sequence repeats (SSR) and rDNA probes, highlighting the potential of such studies for map integration and comparative genetics. As a case study, the available genome of soybean was accessed to show how the physical and in silico distribution of such sequences may be compared at different levels. Such evaluations may also be complemented by the identification of sequences beyond the detection level of cytological methods, here using members of the aquaporin gene family as an example. The proposed approach highlights the complementation power of the combination of molecular cytogenetics ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; FISH, BAC, SSR. |
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Thesagro: |
Gene; Genoma; Soja. |
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Thesaurus Nal: |
Aquaporins; Bioinformatics; Genes; Genome; Soybeans. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/61121/1/gmb.mining.v35n1s.335-347.2012.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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| 7. |  | VASCONCELOS, S.; SOUZA, A. A. de; GUSMÃO, C. L. S.; MILANI, M.; BENKO-ISEPPON, A. M.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C. Heterochromatin and rDNA 5S and 45S sites as reliable cytogenetic markers for castor bean (Ricinus communis, euphorbiaceae). Micron, n. 41, p. 746-753, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 8. | | BORTOLETI, K. C. A.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; BELARMINO, L. C. S.; OLIVEIRA, A. R. S.; NASCIMENTO, I. R.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C. Distribuição de microssatélites no genoma de leguminosas mediante hibridização in situ fluorescente. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... [Curitiba]: UFPR, 2010. p. 115.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 9. | | OLIVEIRA, A. R. da S.; BORTOLETI, K. C. de A.; POZZOBON, M. T.; PEÑALOZA, A. del P. de S.; BRAMMER, S.; GOEDERT, C. O.; BRASILEIRO VIDAL, A. C. Efeito da conservação em longo prazo na integridade citogenética de sementes de Triticum aestivum L. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. p. 433.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Trigo. |
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| 10. | | REIS, G. B.; ANDRADE VIEIRA, L. F.; DAVIDE, L. C.; TORRES, G. A.; OLIVEIRA, A. R.; BRASILEIRO-VIDAL, A.C.; PEREIRA, A. V. Estudo da eliminação cromossômica em híbridos de capim-elefante e milheto(Pennisetum sp. Schum., Poaceae) através da hibridização in situ genômica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 11. | | BELARMINO, L. C.; OLIVEIRA, A. R. da S.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BORTOLETI, K. C. de A.; BEZERRA-NETO, J. P.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M. Mining plant genome browsers as a means for efficient connection of physical, genetic and cytogenetic mapping: an example using soybean. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 35, n. 1, suppl., p. 335-347, May 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 12. | | GUERRA, M.; MORAES, A. P.; MIRKOV, E.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; SILVA, A. E. B. e; SOARES FILHO, W. dos S. Molecular characterization of chromosomes of Poncirus trifoliata using different DNA sequences. In: INTERNATIONAL CITRUS CONGRESS, 11., 2008, Wuhan,China. Program and abstracts... Wuhan: The International Society of Citriculture, 2008. p. 25. 19.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 13. | | BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BORTOLETI, K. C. A.; BENKO-ISEPPON, A. M.; VASCONCELOS, E. V. V.; FONSÊCA, A.; PEDROSA-HARAND, A.; OLIVEIRA, A. R. S.; BELARMINO, L. C.; AMORIM, L. L. B.; ABDELNOOR, R. V.; PANDOLFI, V.; MELO, N. F. Citogenética comparativa em leguminosas cultivadas. In: CONGRESO ARGENTINO DE GENÉTICA, 40., SIMPÓSIO LATINOAMERICANO DE CITOGENÉTICA Y EVOLUCIÓN, 3., JORNADAS SAG-NEA, 1., 2011, Buenos Aires. Journal of Basic & Apllied Genetics, v. 51, Supp., p. S19-20, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 14. | | SILVA, R. de C.; PEÑALOZA, A. del P. de S.; SANTOS, S. dos; GOEDERT, C. de O.; RIBEIRO, M. R.; BRAMMER, S. P.; COSTA, C. T. da; BRASILEIRO VIDAL, A. C.; POZZOBON, M. T. Estudo da viabilidade de germoplasma semente de trigo, mantidas a longo prazo na Colbase/Embrapa Cenargen. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. p. 347.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Trigo. |
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| 15. | | BRAMMER, S. P.; IORCZESKI, E. J.; BONATO, A. L. V.; ALBUQUERQUE, A. C. S.; SCAGLIUSI, S. M. M.; NASCIMENTO JUNIOR, A. do; BAGGIO, M. I.; PRESTES, A. M.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; GUERRA, M.; CARDOSOS, M. B.; ZANETTINI, M. H.; KALTCHUK-SANTOS, E. Atividades de pesquisa em citogenética molecular do núcleo de biotecnologia aplicada a cereais de inverno (NBAC) da Embrapa Trigo. In: REUNIÃO DA COMISSÃO SUL-BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E DE TRITICALE, 38.; REUNIÃO DA COMISSÃO CENTRO-SUL BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E DE TRITICALE, 21., 2006. Passo Fundo. Atas e resumos... Passo Fundo: Embrapa Trigo: Comissão Sul-brasileira de Pesquisa de Trigo e Triticale: Comissão Centro-Sul Brasileira de Pesquisa de Trigo e Triticale, 2006. fito1. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 16. | | POZZOBON, M. T.; PEÑALOZA, A. del. P. S.; GOEDERT, C. de O.; BRASILEIRO VIDAL, A. C.; BRAMMER, S. P.; SCAGLIUSI, S. M. M.; SANTOS, S. dos; LIMA, G. S. de; RIBEIRO, M. R.; SILVA, R. C.; COSTA, C. T. da; OLIVEIRA, A. R. da S. Integridade fisiológica e genética de germoplasma de trigo (Triticum aestivum L.) armazenados em longo prazo. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 2, 2008, Passo Fundo. Ata e resumos. Passo Fundo: Comissão Brasileira de Pesquisa de Trigo e Triticale : Embrapa Trigo : Embrapa Transferência de Tecnologia, 2008. Disponível em: .| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 17. | | POZZOBON, M. T.; PEÑALOZA, A. del P. S.; GOEDERT, C. de O.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BRAMMER, S. P.; SCAGLIUSI, S. M. M.; SANTOS, S. dos; LIMA, G. S. de; RIBEIRO, M. R.; SILVA, R. C.; COSTA, C. T. da; OLIVEIRA, A. R. da S. Integridade fisiológica e genética de germoplasma de trigo (Triticum aestivum L.) armazenados em longo prazo. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 2., 2008, Passo Fundo. Atas e resumos... Passo Fundo: Comissão Brasileira de Pesquisa de Trigo e Triticale: Embrapa Trigo: Embrapa Transferência de Tecnologia, 2008. 3 p. 1 CD-ROM. Melhoramento, 56. Área: Melhoramento, Aptidão Industrial e Sementes.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 18. | | MATOS, M. K. da S.; BENKO-ISEPPON, A. M.; BEZERRA-NETO, J. P.; FERREIRA-NETO, J. R. C.; WANG, Y.; LIU, H.; PANDOLFI, V.; AMORIM, L. L. B.; WILLADINO, L.; AMORIM, T. C. do V.; KIDO, E. A.; VIANELLO, R. P.; TIMKO, M. P.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C. The WRKY transcription factor family in cowpea: Genomic characterization and transcriptomic profiling under root dehydration. Gene, v. 823, 146377, May 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 19. | | BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; BARBOSA, P. K. A; BELARMINO, L. C.; MONTE, S. J. H. do; BRANDÃO, R. M. S. de; ARAUJO, A. de S.; CASTRO, J. A. F. de; SOARES-CAVALCANTI, N. da M.; SILVA, A. R. da; CALSA JUNIOR, T.; ROCHA, M. de M.; WINTER, P.; KAHL, G.; ROTTER, B.; HORRES, R.; MOLINA, C.; JUNGMANN, R.; AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; FERREIRA-NETO, J. R. C.; GRANJEIRO, T. B.; LIMA, A. S.; LOBO, M. D. P.; HOULLOU-KIDO, L. M.; CARVALHO, R. de; WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BARROS, P. dos S.; VIEIRA-MELLO, G. S.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BORTOLETI, K. C. de A.; PEDROSA-HARAND, A.; ANDRADE, P. P. de; ANDRADE, G. P. de; PIO-RIBEIRO, G.; SITTOLIN, I. M.; FREIRE FILHO, F. R. Brazilian cowpea transcriptome project: over 20 million expressed sequence tags to understand salinity and virus resistance. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010. Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 97-98.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 20. | | KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; BARBOSA, P. K. A.; SILVA, L. C. B. da; SILVA, A. B. da; MONTE, S. J. H. do; BRANDÃO, R. M. S. de S.; ARAUJO, A. de S.; CASTRO, J. A. F. de; SOARES-CAVALCANTI, N. da M.; CALSA-JUNIOR, T.; ROCHA, M. M.; WINTER, P.; KAHL, G.; ROTTER, B.; HORRES, R.; MOLINA, C.; JUNGMANN, R.; AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; FARIAS NETO, J. C.; GRANJEIRO, T. B.; LIMA, A. S.; LOBO, M. D. P.; HOULLOU-KIDO, L. M.; CARVALHO, R. de; WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BARROS, P. dos S.; VIEIRA-MELLO, G. S.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BORTOLETI, K. C. de A.; PEDROSA-HARAND, A.; ANDRADE, P. P. de; ANDRADE, G. P. de; PIO-RIBEIRO, G.; SITTOLIN, I. M.; FREIRE FILHO, F. R.; CASTRO, L. A. B. de; BENKO-ISEPPON, A. M. Brazilian cowpea transcriptome project: over five million expressed sequence tags to understand salinity and virus resistance. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FISIOLOGIA VEGETAL, 12., 2009, Fortaleza. Desafios para a produção de alimentos e bioenergia: livro de resumos. Fortaleza: SBFV: UFC: Embrapa Agroindústria Tropical, 2009. p. 25-26. Resumo 61.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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